وی در نیمه دوم سال 1371 بهعنوان معاون حقوقی کنسولی و امور مجلس وزارت امور خارجه به مدت دو سال انجام وظیفه نمود و در سال 1373 به عنوان سفیر کبیر جمهوری اسلامی ایران راهی کشور ژاپن شد.
بهبود و تقویت مناسبات فیمابین وزارت امور خارجه و مجلس چهارم، تشکیل ستاد حقوقی با بهرهگیری از صاحبنظران مجرب برای تدوین مستندات پیرامون جزیره ایرانی بوموسی و طراحی روابط صمیمانه با هموطنان ایرانی در خارج از کشور و صدور گذرنامه برای همه ایرانیانی که در خارج از کشور به دلایلی فاقد گذرنامه بودند بخشی از اهداف و برنامههای متکی در حوزه معاونت جدید وزارت امور خارجه بود.
در دوره پنج ساله سفارت منوچهر متکی در ژاپن، روابط تهران - توکیو با وجود مواجه شدن با تشدید تحریمهای یکجانبه آمریکا در دوره بیل کلینتون (طرح داماتو در سال 1995)، در تدبیری هوشمندانه روند رو به رشد خود را ادامه داد. شرکتهای ژاپنی تعهدات ده میلیارد دلاری خود برای اجرای پروژههای زیربنایی در ایران را عملیاتی نمودند و برای نخستین بار صنایع مخابرات ایران از انحصار یک کشور اروپایی خارج و از تکنولوژی پیشرفته ژاپن ضمن تامین اعتبار از منابع ژاپنی بهره گیری نمود. همچنین ایران از مقام چهارم تامین کننده نفت ژاپن به جایگاه سوم ارتقاء و رایزنیهای سیاسی بین دو کشور روندی تازه یافت.
متکی در بازگشت از ژاپن در سال 1378 به مدت دو سال مشاور وزیر امور خارجه در امور بینالمللی بود. یکی از موارد مهم پیگیری شده در این دوره، اجرایی شدن مصوبه مجلس شورای اسلامی در مورد دعاوی آن دسته از ایرانیانی بود که در اقدامات تروریستی مورد حمایت ایالات متحده آمریکا خسارت دیده بودند. در حقیقت قانون فوق اقدامی با هدف مقابله بهمثل با آمریکا بود با توجه به اینکه دولت آمریکا از طریق محاکم قضایی خود احکامی علیه دولت جمهوری اسلامی ایران در ارتباط با اتباع آمریکایی که در مناطق مختلف جهان کشته میشدند، صادر می نمود. پروندههای اتباع ایران از کودتای 28 مرداد تا تروهای کور منافقین مورد حمایت آمریکا را شامل میشد.
منوچهر متکی در سالهای 1380 و 1381 به دعوت رئیس جدید سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی مسئولیت معاونت ارتباطات با امور بینالملل این سازمان را پذیرفت. وی با حضور در شورای مرکزی هماهنگی نیروهای انقلاب اسلامی و متعاقبا آبادگران ایران اسلامی در انتخابات دوره هفتم مجلس شرکت و در هفتم خرداد 1383 به عنوان نماینده مردم تهران وارد مجلس شورای اسلامی شد.
منوچهر متکی در جمع 30 نفره نمایندگان تهران، شمیرانات ری و اسلامشهر بهعنوان دبیر مجمع هماهنگی ارتباط با مردم را بزرگترین حوزه انتخابیه کشور را از یکسو و ارتباط با مسئولان شورای هماهنگی در مناطقه 30گانه این حوزه را برعهده داشت. وی همچنین با توجه به سوابق کاری، ریاست کمیته روابط خارجی در کمیسیون امنیت ملی و سیاست خاجی را در مدت حضور در مجلس هفتم عهدهدار بود.
منوچهر متکی از تاریخ 3 شهریور 1384 لغایت 22 آذر 1389 به عنوان وزیر امور خارجه جمهوری اسلامی در دولتهای نهم و دهم انجام وظیفه نمود.
شرح فعالیتهای سیاسی منوچهر متکی از سنین نوجوانی تا ورود به مجلس اول شورای اسلامی (1359-1347) و نیز اقدامات دوران 5 سال و اندی سکانداری دستگاه دیپلماسی کشور دفترهای متعددی را میطلبد که در گنجایش سیاهه مختصر زندگینامه نمیگنجد.